Con base en la Constitución de la República, Ley Constitutiva, leyes sectoriales y al Plan de Gobierno Bicentenario en materia de Conservación de Cuencas Hidrográficas, el SANAA-Cuencas Hidrográficas se encuentra trabajando fuertemente en la actualización de los Planes de Ordenamiento Territorial de las Cuencas capitalinas con Embalse (Guacerique y Cuenca San José de Rio Grande) que suministran el 67% del agua a los capitalinos.
Este arduo trabajo de vinculación de SANAA, se realiza en coordinación con los demás actores que por ley tienen responsabilidades en estos territorios (ICF, AMDC, UMAPS, ANED Consultores, entre otros). Lo anterior en aras de proteger y conservar el capital natural de estas cuencas productoras de agua y alimentos.
El SANAA ha facilitado toda la experiencia de su personal técnico en estos territorios, todo su banco de información tabular, hidro climatológica, edafoclimática y geoespacial para dicho objetivo. Asimismo, ha sido fundamental su presencia desde la génesis del mecanismo de financiamiento que actualmente es administrado por la OCP-AMDC, y como brazo técnico externo ANED Consultores.